В Московском физико-техническом институте работает I-SCALARE (Intel Super Computer Applications Laboratory for Advanced Research) – лаборатория, где создаются суперкомпьютерные технологии для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур. Работающие в ней ученые рассказали журналистам о результатах проводимых ими исследований.
Каналы и подписка
IT-World там, где вам удобно
Новости рынка, редакционные обзоры, экспертные материалы и выпуски изданий. Выберите формат, который удобен вам.
В Московском физико-техническом институте работает I-SCALARE (Intel Super Computer Applications Laboratory for Advanced Research) – лаборатория, где создаются суперкомпьютерные технологии для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур. Работающие в ней ученые рассказали журналистам о результатах проводимых ими исследований.
I-SCALARE, Николай Местерсозданная в 2010 году в рамках гранта правительства России (150 млн рублей), обладает сегодня суперкомпьютером нового поколения класса «РСК мини-ЦОД», разработанным российской группой компаний РСК на базе новых процессоров Intel Xeon E5-2690 и архитектуры «РСК Торнадо». Директор по развитию корпоративных проектов Intel в России и странах СНГ Николай Местер и генеральный директор компании «РСК Технологии» (она входит в группу компаний РСК) Александр Московский отметили, что Александр Московскийпосле проведенной в этом году модернизации пиковая производительность суперкомпьютера достигла 41,57 Тфлопс и он вошел в двадцатку самых высокопроизводительных в России. Кластер состоит из 112 вычислительных узлов, каждый из которых содержит два восьмиядерных процессора Intel Xeon E5-2690 (в общей сложности 224 процессора, 1792 ядра). Оперативная память каждого узла составляет 64 Гбайт, в сумме это 7,1 Тбайт. Емкость системы хранения данных – 10 Тбайт, коммуникационная сеть использует высокоскоростной интерфейс Infiniband QDR. Базовая тактовая частота процессоров – 2,9 ГГц, однако благодаря разработанной РСК системе жидкостного охлаждения реализованная в процессоре технология Intel Turbo Boost 2.0 обеспечивает его практически постоянную работу на частоте 3,3 ГГц.
Решение на базе архитектуры «РСК Торнадо» отличают высокая компактность (весь кластер располагается Камиль Исаевв двух стоечных шкафах), надежность, масштабируемость и энергоэффективность. Показатель PUE (отношение общего энергопотребления к энергопотреблению IT-оборудования) – менее 1,2, это означает, что на охлаждение расходуется не более 17% потребляемой электроэнергии. Вычислительная эффективность кластера в тесте LINPACK – более 90%.
Камиль Исаев, генеральный директор по исследованиям и разработкам Intel в России, рассказал, что основное направление деятельности I‑SCALARE, которой руководит живущий сейчас в США выпускник МФТИ профессор Владимир Пентковский, – разработка проблемно ориентированных вычислительных систем для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур, а также решение ряда актуальных прикладных биомедицинских задач. По словам сотрудника лаборатории аспиранта МФТИ Григория Григорий РечистовРечистова, группа моделирования создала методологию оценки работы приложений на проектируемых суперкомпьютерах новых поколений, которые могут иметь в 16 раз больше процессорных ядер, чем используемый для расчетов.
Антон Чугунов, участник исследовательской группы под руководством Антн Чугуновпрофессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН, представил результаты проведенного в I‑SCALARE моделирования динамики молекулярного взаимодействия новых перспективных антибиотиков с мембранами бактерий. Возможности суперкомпьютера позволяют в течение недели произвести расчет модели для систем, содержащих свыше 50 тыс. атомов. В перспективе – создание нового класса антибиотиков, нетоксичных для человека и животных и не вызывающих устойчивости к ним у бактерий.
О моделировании взаимодействия опасных для человека вирусов с клетками организма рассказал ведущий научный сотрудник МГУ им. М. В. Ломоносова Владимир Палюлин. Построенные на суперкомпьютере модели позволили найти 12 перспективных соединений, блокирующих проникновение вирусов клещевого энцефалита в клетки человека. На их основе в ближайшее десятилетие будут создаваться противоэнцефалитные препараты. Еще один важный результат – построение моделей, позволяющих вести поиск структур с нейропротекторной активностью, что позволит создать препараты для лечения таких недугов, как болезнь АлВладимир Палюлиньцгеймера.
Сергей Гаричев, декан факультета радиотехники и кибернетики МФТИ, при Сергей Гаричевкотором создана лаборатория I-SCALARE, высоко оценивает результаты ее деятельности. Суперкомпьютер используется не только для научных расчетов, но и для обучения студентов МФТИ. На нынешнем этапе загрузка суперкомпьютера растет, и одна из основных задач лаборатории – научиться его эффективно использовать и определить классы задач, достойных реализации именно на таком кластере. Следующим этапом станет установка второго такого кластера, а в дальнейшем масштабирование суперкомпьютера будет продолжено до получения производительности около 300 Тфлопс.
